ההיסטוריה של זני הקנאביס החלה למעשה לפני אלפי שנים. מיני הקנאביס המקוריים (או תת-המינים, על פי דעתם של כמה חוקרים) הם סאטיבה, אינדיקה ורודראליס. ההיסטוריה שלהם הולכת יד ביד עם ההיסטוריה של האנושות. לפני יותר מ- 4,000 שנה בני אדם בייתו והחלו להשתמש בקנאביס לטקסים רוחניים וטקסים הכוללים שינוי מצב תודעה. לא ידוע אם השתמשו בסאטיבה או אינדיקה – כאשר אינדיקה פראית הייתה המין החזק יותר ובעל תכולת ה- THC הגבוהה יותר, אך פחות נפוץ. מולדתם של שני מיני הקנאביס הפסיכואקטיביים נמצאת אי שם מדרום לחלק האסיאתי של רוסיה. האם זה היה ספציפית במרכז אסיה, מונגוליה, פקיסטן, סין או הודו? איננו יודעים. ההיסטוריה המלאה של זני קנאביס כנראה שלא תתגלה לעולם.
סאטיבה ואינדיקה התפתחו וגדלו ליד מקורות מים עם הרבה אור שמש באקלים ממוזג בחצי הכדור הצפוני. באופן ספציפי יותר, סאטיבה התפתחה באקלים חם יותר עם עונת קיץ ארוכה והרבה אור שמש, אינדיקה התפתחה כנראה באזור הררי.
מגדלים מוקדמים החלו לזרוע זרעים של צמחים בעלי תכונות רצויות להם. ברירה מלאכותית – כך התחיל גידול זני הקנאביס; וכך נוצרו הזנים המקוריים האנדמיים (landrace) הראשונים – זני האינדיקה והסאטיבה הטהורים. שניים מזני האינדיקה הידועים ביותר הם הינדו קוש והאפגני, שהם כנראה הזנים הטהורים ביותר והקרובים ביותר לזני הקנאביס העתיקים.
קנאביס היה די נפוץ בעולם העתיק ובימי הביניים, עדויות לכך נמצאו אפילו בצפון סקנדינביה של אמצע המאה התשיעית.
עד המאה ה- 19, כל זני הקנאביס היו חוקיים כמעט בכל מקום בעולם מלבד כמה מדינות אסלאמיות. עד אז הרבה אנשים במערב צרכו קנאביס לצרכי טיפול – בארצות הברית, הקנאביס היווה מרכיב במאות תרופות עד 1937.
באמצע המאה ה- 20, גידול קנאביס התחלק לזנים המייצרים סיבים, זרעים ותרופות.
זנים המיועדים להכנת סיבים וזרעים נקראו המפ (קנבוס).
זנים המיועדים לייצור תרופות נאסרו ותויגו בלעג מריחואנה – מונח עממי שמקורו בשפה של קבוצה אתנית מקסיקנית.
למרות החוקים והעונשים, גידול זנים פסיכואקטיביים (בעלי תכולת THC גבוהה) בוצע במחתרת כדי לענות על הביקוש הגבוה. בסוף המאה ה- 20 חלה הקלה בחוקים הנוגעים לקנאביס והחל הגידול, הפיתוח והיצירה של זנים חדשים באופן גלוי.
ההיסטוריה של כל הזנים הקיימים כיום בשוק החלה במחתרת.
מקובל לחשוב כי הינדו קוש, אפגני, תאילנדי, אצ'ה ונפאלי הם זני הקנאביס העתיקים ביותר עם תכונות של זנים אנדמיים. אבל קשה לדעת מהו המקור האמיתי והגנטיקה המקורית של רוב זני הקנאביס של היום. הפיתוח שלהם התרחש במחתרת ולא תועד היטב. ההיסטוריה של רוב זני הקנאביס המודרניים לא מתחילה לפני שנות ה- 60.
זן הייז (Haze) המקורי הוא זן סאטיבה טהור אשר מקורו בקליפורניה של שנות ה- 70. ההיסטוריה של זן זה החלה בשני אחים אשר יצרו הכלאות של צמחי קנאביס מזרעי קנאביס מקולומביה ומקסיקו. הם שילבו את ההכלאה שנוצרה עם זן סאטיבה מהודו, ואת ההכלאה שלאחר מכן עם זן מתאילנד. בשנות ה- 80, חבר של האחים הייז, Sam The Skunkman, הביא את הזן להולנד והחל לפתח שם זנים חדשים.
השפעת הסאטיבה הטיפוסית החזקה והמרוממת לאורך זמן של זן הייז הפכה אותו לפופולרי ביותר. למרות שהטעם וההשפעה הפכו ממש לסטנדרט של קנאביס באותה תקופה, זן הייז הוותיק לא היה יציב, לקח לו מעל 16 שבועות כדי להתחיל לפרוח, זמן ארוך מאד בסטנדרטים מודרניים, הצמח היה גדול מדי והרגישות שלו לשינויים סביבתיים היתה גבוהה מדי. לכן, הפיתוח המשיך. זן הייז המקורי שימש מקור לעשרות זנים – אמנזיה הייז, פרפל הייז, בלוברי הייז, למון הייז, סילבר הייז ועוד זנים רבים המבוססים על הגנטיקה שלו.
כמה זני הייז עברו הכלאה עם רודראליס. מין זה מצוי בטבע הצפוני ביותר בכדור הארץ, הוא פורח אוטומטית כ-30 יום לאחר הנביטה, הוא מותאם היטב למזג אוויר קר ומשמש בסיס לזנים בעלי פריחה אוטומטית – המועדפים על ידי מגדלים חדשים.
זן ההינדו קוש המקורי נחשב לאינדיקה הטהורה ביותר. זן זה עומד מאחורי ההיסטוריה של זני אינדיקה אמריקאים רבים.
מקורם של כל משפחת זני קוש הם צמחים אשר גדלו בין גבעות וגדות הנהרות של עמק הינדו קוש. באבה קוש, מאסטר קוש, קאלי קוש ואו ג'י קוש – כל אלה ועוד – AK-47 הידוע וזן White Widow חולקים כולם את אותה גנטיקה ומורשת מפוארת.
בניגוד לדעה הרווחת, כנראה של- או ג'י קוש (OG Kush) יש מעט מאד גנטיקה של הינדו קוש אם בכלל.
זני קוש היו נפוצים מאוד בקרב ההיפים בשנות ה- 60 וה- 70. אלה הם האנשים שהביאו את זרעי הקוש הראשונים לארה"ב ולאירופה מעמק ההינדו קוש.
הרקע של משפחת זנים זו ברור, אך השם עצמו די מעורפל. עבור חלק מהאנשים (במיוחד בבריטניה) סקאנק (בואש) פירושו קנאביס חזק באופן כללי, עבור אחרים נראה שהמשמעות של קנאביס מסריח הולמת יותר.
בתחילת הדרך, השם סקאנק ניתן לזן חדש מבוסס אינדיקה אפגנית שהופיע בשנות ה- 70 בקליפורניה כדי לציין את ריחו המסריח. כעבור זמן מה הביא Sam The Skunkman צרור של זרעי סקאנק להולנד שם החל תהליך הגידול.
הזן שנוצר נקרא Skunk#1 ובמקרה היה גם יציב מאוד ופרח במהירות מה שעזר לו לצבור פופולריות היסטוריה של זני סקאנק.